目前埃博拉出血热尚没有疫苗可以预防，隔离控制传染源和加强埃博拉个人防护是防控埃博拉出血热的关键措施。
密切接触者是指患者发病后，可能接触其血液、分泌物、排泄物等的人员，如陪护、救治、转运患者及尸体处理等人员。对密切接触者进行追踪和医学观察。医学观察期限为自最后一次暴露之日起21天。医学观察期间一旦出现发热、乏力、咽痛等临床症状时，要立即进行隔离，并采集标本进行检测。
病人死亡后，应尽量减少尸体的搬运和转运。尸体应消毒后用密封防漏物品包裹，及时焚烧或按相关规定处理。需作尸体解剖时，应按《传染病病人或疑似传染病病人尸体解剖查验规定》执行。
在标准防护的基础上，佩戴医用口罩或专业防毒面具，以要做好接触防护和呼吸防护。
病人的分泌物、排泄物需严格消毒，可采用化学方法处理；具有传染性的医疗污物（污染的针头、注射器等）可用焚烧或高压蒸汽消毒处理。
穿戴医用防护服尽量避免医护人员直接接触疑埃博拉出血热病人的体液、分泌物或排泄物，作业后用清水或肥皂水彻底清洗，或用0.5%碘伏消毒液、75%酒精洗必泰擦拭消毒，使用清水或肥皂水彻底清洗；粘膜应用大量清水冲洗或0.05%碘伏冲洗。
采集标本应做好个人防护。标本应置于符合国际民航组织规定的a类包装运输材料之中，按照《可感染人类的高致病性病原微生物菌（毒）种或样本运输管理规定》要求运输至具有从事埃博拉病毒相关实验活动资质的实验室。
开展相关实验活动的实验室应有相应的生物安全级别和实验活动资质。相应实验活动所需生物安全实验室级别应符合《人间传染的病原微生物名录》的规定，病毒培养在bsl-4实验室、动物感染实验在absl-4实验室、未经培养的感染材料的操作在bsl-3实验室、灭活材料的操作在bsl-2实验室、无感染性材料的操作在bsl-1实验室中进行。
流行病学调查主要包括调查病例在发病期间的活动史、搜索密切接触者和共同暴露者，寻找感染来源。